La ville est fondée en 875 par 'Abd al Rahmân Ibn Marwan, un descendant d'une famille de muwallad (romane ou wisigothique, convertie à l'islam), en révolte contre l'émir de Cordoue Muhammad Ier. La région tout entière devient le fief d'Ibn Marwân, qui fonde également Marvão (Portugal). La ville devient l'une des plus importantes de la péninsule, au point de compter près de 25 000 habitants. La chute du califat en 1031 permet à Badajoz de constituer un royaume indépendant (taïfa), qui s'étend sur une bonne partie du Portugal et de l'Extrémadure actuels, mais finit par être conquis par les Almoravides en 1094. Les Portugais tentent sans succès de prendre la ville en 1169.

Le roi de León Alphonse IX conquiert la ville le 19 mars 1230, qui devient plus tard un évêché mais tombe en décadence. En 1336, Badajoz est à nouveau assiégée par les Portugais qui se retirent après leur défaite face aux Castillans à Villanueva de Barcarrota. En 1811, la ville est assiégée deux fois, puis encore une fois l'année suivante.